J'avais le problème suivant : Quand le type mime d'un pdf en ligne était mal servi, firefox me proposait d'ouvrir le fichier avec file-roller. Idem si je le téléchargeais puis que j'essayais de l'ouvrir depuis la fenêtre de téléchargements. Aucun problème en revanche depuis Nautilus

Le problème vient en fait du fichier .local/share/applications/mimeapps.list, qui associait content-type:octet-stream à file-roller. Une fois supprimée cette ligne, même sans redémarrer Firefox, le problème est résolu